Ошибка:
«Cache is newer than repository — do you have multiple, independently updated repos with same ID?»
может возникнуть, если репозиторий был восстановлен из бэкапа.
Лечится выполнением команды (на стороне клиента)
rm -rf ~/.cache/borg/
mv ~/.config/borg/security{,_bak}